Przyczyny autyzmu nie są dokładnie poznane. Według obecnej wiedzy nie istnieje pojedyncza przyczyna np. gen, który wywołuje autyzm. Przyczyny autyzmu są złożone to znaczy, że na występowanie autyzmu wpływają różne czynniki, które działają w różnym stopniu i w różnych kombinacjach.
Duże znaczenie w występowaniu autyzmu ma genetyka. Istnieją geny i mutacje (tzn. zmiany w genach), które są związane z częstszym występowaniem autyzmu. Na występowanie autyzmu wpływają też niektóre czynniki środowiskowe tj. wyższy wiek rodziców, infekcje wirusowe podczas ciąży, wcześniactwo, ciąże mnogie.